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La salmonelle n'est qu'une des bactéries séquencées par l'Agence canadienne d'inspection des aliments, ce qui lui permet de retracer une éclosion de salmonelle jusqu'au poulet cru pané.

Comment les enquêteurs canadiens utilisent l'ADN pour retrouver les aliments contaminés

« Le séquençage du génome entier a accru la sécurité de l'approvisionnement alimentaire canadien », déclare le professeur

Les experts affirment que le Canada est devenu un chef de file mondial dans la prévention des maladies et le sauvetage de vies en traquant la source de bactéries dangereuses et d'autres agents pathogènes qui envahissent l'approvisionnement alimentaire du pays. 

L'Agence canadienne d'inspection des aliments peut maintenant faire ce travail plus rapidement et de manière plus concluante que jamais en décodant l'information génétique d'organismes comme la salmonelle, Listeria et E. coli.  

"Cela nous permet d'éliminer plus efficacement la contamination du marché, protégeant ainsi les Canadiens", a déclaré Mohamed Elmufti, chef scientifique en microbiologie à l'Agence canadienne d'inspection des aliments. 

Selon le site Web de l'agence d'inspection, quatre millions de Canadiens tombent malades  à cause d'aliments contaminés.

L'agence but est d'identifier les aliments contaminés qui rendent les gens malades et de les retirer des étagères des magasins le plus rapidement possible, avant qu'ils ne rendent quelqu'un d'autre malade. Il essaie ensuite d'empêcher la contamination de se reproduire. 

Un processus connu sous le nom de séquençage du génome entier aide à identifier la cause d'une maladie. Cette technique permet à l'Agence canadienne d'inspection des aliments de déterminer la séquence complète d'ADN du génome entier d'un organisme.

Une fois cela fait, les scientifiques savent quel type de maladie un organisme particulier peut causer et ils peuvent utiliser son propre ADN pour le suivre. 

Si un organisme sur un aliment se trouve également à l'intérieur d'une personne et possède le même type d'ADN, alors les scientifiques savent que cet organisme particulier a rendu la personne malade.  

   

« Cela aide les enquêteurs en salubrité des aliments à mieux identifier les vecteurs alimentaires qui rendent les gens malades et à identifier les sources de contamination dans l'environnement de fabrication des aliments », a déclaré Burton Blais, qui travaille en recherche et développement à l'Agence canadienne d'inspection des aliments. Laboratoire d'Ottawa.

Lorsqu'il est combiné avec d'autres techniques d'investigation, le séquençage du génome entier est un outil impressionnant pour déterminer d'où vient un agent pathogène. 

Le séquençage du génome entier fournit également à l'agence beaucoup plus d'informations que les tests précédents et peut être effectué beaucoup plus rapidement. Les anciennes techniques d'identification d'un organisme prenaient des jours, voire des semaines, car les échantillons devaient être mélangés entre différents laboratoires.    

"Cela me dépasse encore de penser qu'en ce moment … nous pouvons prendre une bactérie et en moins de deux jours, nous avons le plan génomique complet de cet organisme devant nous", a déclaré Blais.  

Et ces quelques jours comptent vraiment. 

"Si vous pouvez gagner un ou deux jours ou trois jours pour prendre une décision de rappel, parce que vous avez identifié l'aliment exact qui cause le problème, cela peut faire une énorme différence en termes de résultats de santé publique", a-t-il déclaré. .   

Au cours des cinq années où l'agence a effectué ce travail, ses scientifiques ont séquencé 10 000 agents pathogènes bactériens différents, dont la salmonelle, Listeria et E. coli.

Ce genre de travail a fait du Canada un chef de file mondial dans l'utilisation de cette technologie pour suivre les agents pathogènes, selon Lawrence Goodridge, professeur de salubrité des aliments à l'Institut canadien de recherche sur la salubrité des aliments, qui fait partie de l'Université de Guelph.

Étant donné qu'une grande quantité de nourriture traverse la frontière entre les États-Unis et le Canada, les organisations de santé publique et de sécurité alimentaire des deux pays doivent travailler en étroite collaboration pour s'assurer que tous ces aliments sont sûrs.

« Je dirais que les États-Unis sont un leader mondial de la génomique et parce que nous sommes juste à côté d'eux et que nous collaborons étroitement avec eux, cela signifie également que nous sommes un leader dans l'utilisation de la génomique pour l'analyse de la sécurité alimentaire », a déclaré Goodridge.  

 

La génomique est un terme utilisé pour décrire la science du décodage de l'information génétique dans l'ADN d'un organisme. Il examine comment les gènes fonctionnent et interagissent les uns avec les autres et influencent la croissance et le développement, selon le site Web de l'agence d'inspection .

La génomique est différente de la génétique, qui étudie les gènes individuels et comment les organismes héritent des traits génétiques comme la couleur des yeux d'une génération à l'autre. 

Goodridge a déclaré que ces méthodes ont déjà changé la façon dont les aliments sont transformés au Canada. 

Depuis 2017,  des centaines de Canadiens sont tombés malades après avoir mangé des aliments contaminés par la salmonelle . Certains sont même tombés gravement malades. 

L'Agence canadienne d'inspection des aliments a pu utiliser le séquençage du génome entier, ainsi que d'autres techniques d'enquête, pour suivre la source de la salmonelle jusqu'aux produits de poulet crus panés comme les burgers de poulet et les lanières de poulet.

Pour endiguer le problème, l'agence a mis en place de nouvelles réglementations obligeant tous les fabricants à réduire les niveaux de salmonelle en dessous des quantités détectables dans les produits de poulet panés emballés pour la vente au détail. 

Dans la plupart des cas, cela signifie que le poulet sera cuit pour tuer les bactéries avant d'être congelé et expédié à la vente. 

"C'est donc un exemple au cours des deux dernières années qui montre vraiment comment le séquençage du génome entier a augmenté la sécurité de l'approvisionnement alimentaire canadien", a déclaré Goodridge.

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